自“十五”以来，厦门港在港口硬件设施方面进行了大规模的投入：全力推进深水泊位、深水航道工程建设，提高接纳超大型船舶能力；改善腹地交通条件，提高厦门港的辐射能力等等，但在港口管理和服务等“软件”方面建设投入较少，形成厦门港口物流服务供应链发展的瓶颈是：

1、从业企业众多，但功能单一，服务质量水平低下

厦门港主要有三个港区，注册经营的船舶代理公司共有82家；货代300余家；专业报关行近100家；集装箱场站有近20家；运输企业200多家。其中除了码头以外，其它行业经营规模普遍偏小，服务项目单一，港口服务功能仍围绕着传统的货物运输、储存、装卸等业务，尚未向以信息技术为支撑的现代物流转变。此外港口中介服务中的金融、保险、咨询、法律、航运市场交易等，也还未充分发展起来，影响供应链的构建与运行效率。

2、港口物流服务供应链合作伙伴的选择机制不完善

选择合适的供应链合作伙伴，能够实现合作过程中需求与供给信息的共享，快速响应市场，共担风险，共获利益，也可以有效地实现以港口为中心的供应链协同，提升港口的整体竞争力，降低时间成本和资金成本，提高服务质量，有效满足客户需求。但目前，我国的港口物流服务供应链合作伙伴的选择，仍然受制于计划经济模式，缺乏主动出击市场的动力和积极性，缺少科学的协商决策和合作对策研究；在利用Internet/Intranet进行商务活动过程中，缺乏科学的合作对策与委托实现机制，法律体系不健全，信用体系不完善。

3、缺乏有效的协调运行机制，港口物流服务供应链尚未整合优化

港口物流服务供应链是一个系统、动态、复杂的网络结构，需要作为供应链核心的港口企业对供应链上的各节点企业进行协调运作，将静态的管理机制与动态的计划实施相结合，使各企业在共同利益驱使和优势互补的情况下，通过资源整合，形成辐射全球的港口物流服务供应链联盟。但目前厦门港口企业与上下游企业联系还不够紧密，尚未建立稳定的联盟关系。地域范围内的港口群企业之间缺乏有效的协同与合作，甚至进行低效率的恶性竞争。

4、信息共享程度较低，不利于供应链的快速反应

港口物流服务供应链效率提高的关键在于港口与相关企业、部门之间信息资源、数据的共享。这些数据分布在供应链上的各个节点企业中，要做到快速高效地响应客户需求，就必须加强协调联系并采用管理信息系统集成起来。厦门港在港口信息化建设方面，起步较早，EDI系统经多年建设，处于国内领先水平，但口岸各部门的电子平台仍各自为政，没有联网，做不到信息共享和资源共享，影响通关效率的提高。